A Academia está dividida em seis Secções. Cada uma das Secções, elegerá o seu Presidente e Secretário, por períodos de 3 anos.
Secção I. Ciências Químicas e Físico-químicas
- João Luís Machado dos Santos
- Matilde Fonseca e Castro
Secção II. Tecnologia Farmacêutica
- Francisco José de Baptista Veiga
- José Manuel Correia Neves de Sousa Lobo
- João José Martins Simões de Sousa
Secção III. Farmacologia, Toxicologia e Farmacoterapia
- Félix Dias Carvalho
- José Augusto Guimarães Morais
- Maria Margarida Duarte Ramos Caramona
- Rui Manuel Amaro Pinto
Secção IV. Biologia, Bioquímica Clínica e Genética
- Agostinho Franklim Pinto Marques
- Natércia Aurora Almeida Teixeira
- Maria de São José Garcia Alexandre
- Maria Isabel de Sousa Rocha
- Perpétua da Conceição Rodrigues Gomes Cavaco Silva
Secção V. Farmacognosia e Bromatologia
- Fernando Jorge dos Ramos
- Lígia Maria Ribeiro Pires Salgueiro Silva Couto
Secção VI. Socio-Farmácia e Prática de Farmácia
- Ana Paula Mecheiro de Almeida Martins Silvestre Correia
- Francisco Jorge Batel Marques
- Hélder Dias Mota Filipe
- Afonso Miguel das Neves Cavaco
- João Rui Couto Rocha Pita